Zgodnie z projektem ustawy budżetowej na rok 2006 rezerwa celowa na koszty integracji europejskiej w kwocie 4 627 500 000 zł obejmuje wiele kategorii. W związku z powyższym, w ramach przyjętej procedury wyodrębnione zostały cztery tryby ubiegania się o środki w ramach następujących części:
-  część A (200 000 000 zł) dotyczy zadań związanych z członkostwem Polski w UE oraz z realizacją projektów Phare i Transition Facility. Podział środków w ramach ww. części podlega stosowanemu od kilku lat systemowi decyzyjnemu Komitetu Europejskiego Rady Ministrów.
-  część B (2 500 000 000 zł) związana jest ze współfinansowaniem instrumentów adresowanych do rolnictwa oraz finansowaniem Instrumentu Finansowego Schengen. W części tej znalazły się także takie kategorie wydatków, jak pokrycie różnic kursowych powstających przy realizacji programów finansowanych z UE, wydatki związane z interwencją rynkową oraz z realizacją art. 2 ust. 3 ustawy z dnia 30 lipca 2003r. o uruchamianiu środków pochodzących z Sekcji Gwarancji Europejskiego Funduszu Orientacji i Gwarancji Rolnej (dotyczy kosztów
audytu zewnętrznego wdrażania EFOiGR).
-  część C (1 800 000 000 zł) przeznaczona jest na wsparcie operacji strukturalnych (poza Zintegrowanym Programem Operacyjnym Rozwoju Regionalnego), instrumentów finansowych Europejskiego Obszaru Gospodarczego (EOG) oraz Norweskiego Mechanizmu Finansowego (NMF), projektów realizowanych w ramach Transeuropejskiej Sieci Transportowej a także w wyjątkowych przypadkach wydatki związane z przygotowaniem projektów do finansowania w ramach funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności.  W części tej wyróżniono dodatkowo cztery tryby składania wniosków: dla funduszy strukturalnych, dla Funduszu Spójności, dla Transeuropejskiej Sieci Transportowej oraz dla Mechanizmu Finansowego EOG i Norweskiego Mechanizmu Finansowego.
-  część D (127 500 000 zł) stanowi rezerwę pozostającą w dyspozycji Komitetu Europejskiego Rady Ministrów.
­
Powyższa procedura określa jednocześnie sposób wnioskowania o wydanie decyzji zapewnienia dofinansowania przedsięwzięcia. Zgodnie z Rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 26 lipca 2005r. istnieje możliwość otrzymania decyzji Ministra Finansów o zapewnieniu dofinansowania przedsięwzięcia z rezerw celowych budżetu państwa. Powyższa decyzja może stanowić podstawę do rozpoczęcia postępowania przetargowego, zgodnie z ustawą z dnia 29 stycznia 2004r. Prawo zamówień publicznych.
Wnioski będą rozpatrywane sukcesywnie w miarę ich napływania do Wiceprzewodniczącego Komitetu Integracji Europejskiej, Ministra Rozwoju Regionalnego lub Ministra Finansów. Ostateczne terminy składania wniosków zarówno o środki z rezerwy celowej, jak też o zapewnienie dofinansowania zamieszczone są w tabeli (plik do pobrania).

W celu zapewnienia płynności budżetu państwa i dofinansowywania z rezerwy celowej tylko tych wydatków, które pozostają do wydatkowania w danym roku budżetowym, Ministerstwo Finansów zaproponowało tryb składania wniosków na środki w ramach danego zadania jedynie na najbliższe trzy miesiące realizacji przedsięwzięcia. Tym samym istnieje możliwość kilkakrotnego występowania o środki w ciągu roku w ramach jednego przedsięwzięcia.
W przypadku przedsięwzięć realizowanych w województwach przez jednostki samorządu terytorialnego w ramach programów Phare Spójność Społeczna i Gospodarcza oraz Współpracy Przygranicznej, ze środków rezerwy celowej mogą być pokrywane wyłącznie koszty współfinansowania tych projektów, dla których istnieje zobowiązanie rządu do dofinansowania zadania. Natomiast jednostki administracji rządowej, które są beneficjentami ww. programów kwalifikują się do otrzymania wsparcia w rezerwy celowej. Natomiast wsparcie w ramach kategorii dotyczącej programu Sapard może zostać przeznaczone jedynie dla Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi na zapewnienie współfinansowania krajowego, które wymagane jest w ramach umów finansowych, zawartych pomiędzy Rządem Rzeczpospolitej Polskiej a Komisją Europejską.
W przypadku występowania z wnioskiem o kwotę pierwotnie wyrażoną w EUR należy stosować, o ile inne przepisy lub procedury nie stanowią inaczej, średni kurs EUR podawany przez Narodowy Bank Polski w dniu przygotowania wniosku.

Wszelkich informacji dotyczących ubiegania się o środki z rezerwy celowej lub zapewnienie dofinansowania przedsięwzięcia udzielają odpowiednie departamenty w ministerstwach, które są odpowiedzialne za dany obszar kwalifikujący się do wsparcia z rezerwy.