Po raz pierwszy oba zespoły spotkały się w sezonie 1987/88, czyli tuż po awansie białostoczan w szeregi ekstraklasy. Inauguracyjny mecz odbył się 1 listopada 1987 roku w Szczecinie i zakończył się zwycięstwem gospodarzy 1:0, a decydującą bramkę zdobył na trzy minuty przed końcem Jacek Krzystolik. W wiosennym rewanżu białostoczanie zrewanżowali się Pogoni w obecności 30 tysięcy widzów, wygrywając 1:0, po złotym golu Dariusza Czykiera.

Z racji tego, że obie drużyny utrzymały się w ekstraklasie, w sezonie 1988/89 ponownie doszło do ich konfrontacji. Podobnie jak rok wcześniej oba mecze zakończyły się identycznymi wynikami - w Szczecinie zwyciężyła Pogoń 1:0, zaś w rewanżu 1:0 Jagiellonia. Decydującą bramkę, podobnie jak przed rokiem, zdobył Dariusz Czykier. Sezon ten okazał się pechowy dla Portowców, którzy po przegranym barażu z Motorem Lublin (3:2 i 0:2) opuścili szeregi ekstraklasy, w związku z czym na kolejną konfrontację obu drużyn trzeba było zaczekać dwa lata. Niestety nie wiązała się ona z ponownym awansem Pogoni, a ze spadkiem Jagi do II ligi.

Tak więc do kolejnej potyczki obu klubów doszło już na zapleczu ekstraklasy w sezonie 1990/91. Zanim jednak rozegrano mecze o ligowe punkty, los skojarzył obie drużyny w 1/16 finału Pucharu Polski. Mecz rozegrano w Szczecinie i zakończył się on zwycięstwem Jagi 3:1 po dogrywce. Dwie bramki dla zwycięzców zdobył Robert Grzanka, jedną dorzucił Zbigniew Szugzda, natomiast gola dla pokonanych zdobył późniejszy reprezentant Polski oraz wicemistrz olimpijski z Barcelony (1992) - Dariusz Adamczuk. Również w lidze lepsi okazali się białostoczanie, odnosząc dwa zwycięstwa. Najpierw w Szczecinie 1:0, a następnie w Białymstoku 2:1. W tym drugim meczu dwie bramki dla Żółto-Czerwonych strzelił Tomasz Giedrojć. Sezon ten okazał się niezbyt udany dla obu klubów, jednak zupełnie z różnych powodów. Białostoczanom 3. miejsce na koniec sezonu pozwoliło przystąpić do walki w barażach o powrót do ekstraklasy. Niestety po dramatycznym dwumeczu z Zagłębiem Sosnowiec (2:0 i 0:2) nasi zawodnicy przegrali batalię o awans gorzej egzekwując rzuty karne (2:4). Pogoń natomiast z trudem uchroniła się przed spadkiem do III ligi, zajmując 15. miejsce w drugoligowej tabeli. Pomimo że oba zespoły pozostały w tej samej klasie rozgrywek, w kolejnym sezonie się nie spotkały, a to za sprawą reformy ligi, w wyniku której zaplecze ekstraklasy podzielono na dwie grupy: "Zachodnią" i "Wschodnią".

Podział ów okazał się szczęśliwy dla obu klubów, gdyż oba wywalczyły awans do ekstraklasy. Pogoń wygrywając grupę "Zachodnią", zaś Jagiellonia zajmując 2. miejsce w grupie "Wschodniej", co oznaczało, że ponownie dojdzie do konfrontacji tych drużyn. Z potyczki dwóch beniaminków, tym razem górą byli Portowcy, zwyciężając dwukrotnie - 1:0 i 3:2.

Na kolejną konfrontację obu drużyn kibice musieli czekać aż 10 lat.  Najpierw oba zespoły zmierzyły się w Białymstoku w ramach 1/8 finału Pucharu Polski i, podobnie jak trzynaście lat wcześniej, o awansie do kolejnej rundy zadecydowała dogrywka, w której lepsi okazali się Jagiellończycy, zdobywając jedyną bramkę meczu w ostatniej minucie pierwszej części dogrywki i zgodnie z nowymi przepisami to oni okazali się zwycięzcami tej konfrontacji. Gola na wagę awansu zdobył Łukasz Tyczkowski.

Niespełna dwa tygodnie później doszło do kolejnego spotkania, tym razem był to już mecz mistrzowski II ligi, rozegrany również w Białymstoku. Przed tym spotkaniem Jagiellonia prowadziła w tabeli, zaś Pogoń zajmowała 2. miejsce ze stratą dwóch punktów. Nieoficjalnie się mówi, iż mecz ten oglądała rekordowa liczba widzów, jaką może pomieścić stadion przy Jurowieckiej - ponad 5 tysięcy osób. Po bardzo zaciętym i emocjonującym spotkaniu Portowcy zrewanżowali się za porażkę w Pucharze Polski, zwyciężając 2:1. W ten sposób przerwali trwającą od 2 lat passę meczów bez porażki Jagiellonii na własnym stadionie.

W rewanżu w Szczecinie Portowcy wygrali 3:1. Na koniec tego sezonu Pogoń zajęła 1. lokatę w stawce, co pozwoliło powrócić jej w szeregi ekstraklasy. Jagiellonia natomiast dzięki wygranej w ostatniej kolejce 1:0 z Ruchem Chorzów obroniła się przed barażami o utrzymanie. Niebiescy właśnie kosztem Jagi musieli walczyć o pozostanie w II lidze.

Najważniejsze spotkanie miało miejsce jednak dokładnie 22 maja 2010 roku, gdy na stadionie w Bydgoszczy oba kluby zmierzyły się ze sobą w finale Pucharu Polski. Zdecydowanym faworytem była oczywiście ekstraklasowa Jagiellonia, jednak przez pierwsze 45. minut na boisku nie dało się zauważyć różnicy między ekstraklasą a jej zapleczem. Po przerwie już zdecydowanie dominowała Jaga, a jedyna bramka w meczu padła w 49. minucie. Jarosław Lato podał do Andriusa Skerli, a Litwin precyzyjnym uderzeniem lewą nogą z pierwszej piłki zdobył złotą bramkę, na wagę Pucharu.

W sezonie 2012/13 oba zespoły po 19 latach zmierzyły się ze sobą ponownie na szczeblu ekstraklasy. Spotkanie w Szczecinie zakończyło się podziałem punktów. Prowadzenie Portowcom dał w 56. minucie Japończyk Takafumi Akahoshi, wyrównał na dwie minuty przed ostatnim gwizdkiem sędziego Nika Dzalamidze, dla którego było to premierowe trafienie w Żółto-Czerwonych barwach. W rewanżu na wiosnę atut własnego boiska wykorzystali Żółto-Czerwoni, wygrywając, 1:0 po bramce Tomasza Frankowskiego z rzutu karnego. Było to 168. trafienie "Łowcy bramek" w ekstraklasie i jak się okazuje ostatnie w karierze.

Pierwszy mecz sezonu 2013/14 Jagiellonia był połączony z inauguracją nowo otwartej połówki Stadionu Miejskiego. Niestety zespół Dariusza Wdowczyka zepsuł święto w Białymstoku wygrywając 3:2, po bardzo ciekawym i emocjonującym meczu. Goście po bramkach Muryayamy i Akahoshiego prowadzili już 2:0, jednak ambitnie grający Jagiellończycy doprowadzili do remisu za sprawą samobójczego trafienia Michała Koja oraz gola Daniego Quintany. Siedem minut przed końcem wygraną gościom zapewnił samobójczym trafieniem Michał Pazdan. Rewanż w Szczecinie rozstrzygnął się po 20 minutach. Prowadzenie gospodarzom dał w 18. minucie Mateusz Lewandowski, dwie minuty później wyrównał Ugo Ukah, dla którego był to pierwszy gol w Żółto-Czerwonych barwach.

W sezonie 2014/15 jesienią Pogoń przyjechała ponownie do Białegostoku na otwarcie stadionu, lecz już całego. W obecności ponad 20 tysięcy fanów Żółto-czerwoni spisali się na piątkę, aplikując rywalom pięć bramek, przy tym nie tracąc żadnej. Po dwa gole dla naszego zespołu zdobyli Mateusz Piątkowski i Nika Dzalamidze, zaś jednego Maciej Gajos. Bohaterem rewanżu w Szczecinie, który Pogoń wygrała 2:0, był zdobywca obu bramek Łukasz Zwoliński. Już w czerwcu, w grupie mistrzowskiej, również na Pomorzu Zachodnim lepsza okazała się Jagiellonia. Igors Tarasovs, Patryk Tuszyński i Karol Świderski (pierwszy gol w Ekstraklasie) przypieczętowali wygraną Żółto-Czerwonych 3:1.

W sezonie 2015/16 Jaga z Pogonią mierzyły się trzykrotnie, w tym raz w Pucharze Polski. W sierpniowym meczu 1/16 finału pucharowych rozgrywek Jagiellończycy ograli Portowców 2:1 dzięki bramkom Karola Świderskiego i Przemysława Frankowskiego. Identyczny wynik, ale dla drużyny prowadzonej przez Czesława Michniewicza, padł we wrześniu w spotkaniu ligowym w Szczecinie. W kontrowersyjnych okolicznościach Jaga uległa Pogoni 1:2. Na trafienia Czerwińskiego i Akahoshiego Żółto-Czerwoni odpowiedzieli tylko golem Fiodora Cernycha. W wiosennym rewanżu przy Słonecznej nie padła za to żadna bramka i mecz zakończył się nudnym, bezbramkowym remisem.

W minionych rozgrywkach Jagiellonia rozegrała aż cztery mecze z klubem ze Szczecina. Po raz pierwszy miało to miejsce w spotkaniu 1/8 finału Pucharu Polski w Szczecinie. Tej potyczki piłkarze Michała Probierza nie będą dobrze wspominać. Do przerwy było 1:1, bowiem na bramkę z rzutu karnego Adama Frączczaka odpowiedział Fiodor Cernych, ale po zmianie stron strzelali już tylko Portowcy. Kamil Drygas, Adam Gyurcso i Ricardo Nunes przesądzili o pewnym triumfie szczecinian 4:1 i ich awansie do ćwierćfinału.

Kilka dni później Żółto-Czerwoni zmierzyli się z Portowcami także w Ekstraklasie. Przy Słonecznej padł remis 0:0, choć Jagiellończycy mieli kilka świetnych szans na zapewnienie sobie wygranej. Takim samym wynikiem zakończył się także ligowy rewanż w Szczecinie, choć przez całą drugą połowę Jaga musiała grać w dziesiątkę po kontrowersyjnej czerwonej kartce dla Łukasza Burligi. Jedyny ligowy gol w meczach Jagiellonii z Pogonią padł w pojedynku grupy mistrzowskiej. Żółto-Czerwoni wygrali to spotkanie 1:0 po celnym strzale Cilliana Sheridana.

Również Irlandczyk był bohaterem naszego ostatniego meczu z Pogonią, rozegranego latem w Szczecinie. W trzeciej kolejce sezonu 2017/18 Jaga zwyciężyła w Szczecinie 1:0, a Sheridan, wykorzystując błąd Jarosława Fojuta, trafił do siatki w doliczonym czasie gry. Warto zauważyć, że Portowcy nie potrafili trafić do naszej bramki w pięciu ostatnich potyczkach w Ekstraklasie.

WSZYSTKIE OFICJALNE MECZE JAGIELLONII Z POGONIĄ SZCZECIN:

Ekstraklasa (dawna I liga):

01.11.1987r., Pogoń Szczecin - Jagiellonia Białystok 1:0 (0:0)
04.06.1988r., Jagiellonia Białystok - Pogoń Szczecin 1:0 (0:0)
14.08.1988r., Pogoń Szczecin - Jagiellonia Białystok 1:0 (1:0)
25.03.1989r., Jagiellonia Białystok - Pogoń Szczecin 1:0 (0:0)
03.09.1992r., Jagiellonia Białystok - Pogoń Szczecin 0:1 (0:0)
02.06.1993r., Pogoń Szczecin - Jagiellonia Białystok 3:2 (0:0)
29.09.2012r., Pogoń Szczecin - Jagiellonia Białystok 1:1 (0:0)
06.04.2013r., Jagiellonia Białystok - Pogoń Szczecin 1:0 (1:0)
25.08.2013r., Jagiellonia Białystok - Pogoń Szczecin 2:3 (0:2)
07.12.2013r., Pogoń Szczecin - Jagiellonia Białystok 1:1 (1:1)
18.10.2014r., Jagiellonia Białystok - Pogoń Szczecin 5:0 (3:0)
11.04.2015r., Pogoń Szczecin - Jagiellonia Białystok 2:0 (0:0)
03.06.2015r., Pogoń Szczecin – Jagiellonia Białystok 1:3 (0:2)
28.09.2015r., Pogoń Szczecin – Jagiellonia Białystok 2:1 (1:0)
02.03.2016r., Jagiellonia Białystok - Pogoń Szczecin 0:0
02.10.2016r., Jagiellonia Białystok - Pogoń Szczecin 0:0
18.03.2017r., Pogoń Szczecin – Jagiellonia Białystok 0:0
30.04.2017r., Jagiellonia Białystok - Pogoń Szczecin 1:0 (1:0)
30.07.2017r., Pogoń Szczecin – Jagiellonia Białystok 0:1 (0:0)

I liga (dawna II):

31.10.1990r., Pogoń Szczecin - Jagiellonia Białystok 0:1 (0:1)
22.05.1991r., Jagiellonia Białystok - Pogoń Szczecin 2:1 (0:0)
27.09.2003r., Jagiellonia Białystok - Pogoń Szczecin 1:2 (0:2)
08.05.2004r., Pogoń Szczecin - Jagiellonia Białystok 3:1 (0:1)

Puchar Polski:

29.08.1990r., Pogoń Szczecin - Jagiellonia Białystok 1:3 (1:1, 0:0) dogr. - 1/16 finału 
16.09.2003r., Jagiellonia Białystok - Pogoń Szczecin 1:0 (0:0, 0:0) dogr. - 1/8 finału
22.05.2010r., Jagiellonia Białystok - Pogoń Szczecin 1:0 (0:0) - FINAŁ w Bydgoszczy
12.08.2015r., Jagiellonia Białystok – Pogoń Szczecin 2:1 (1:1) – 1/16 finału
28.09.2016r., Pogoń Szczecin - Jagiellonia Białystok 4:1 (1:1) - 1/8 finału

Ogółem rozegrano 28 spotkań, z czego:

Zwycięstwa Jagiellonii: 13.
Remisy: 5.
Zwycięstwa Pogoni: 10.

Stosunek bramek: 33:28 dla Jagiellonii.

źródło: jagiellonia.pl